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从逐一排除到一网打尽 二代基因测序“秒揪”颅内感染源

时间:2021-04-15 浏览量:0次

从逐一排除到一网打尽 二代基因测序“秒揪”颅内感染源

如果不是那场突发脑炎,22岁的唐山万航国际船务代理公司菲律宾籍船员Vicoy可能永远想不到会和二代基因测序发生关系。

当时Vicoy在船上工作,6月2日发现自己左侧胳膊和腿没了力气,还头疼。

3日,他被送往曹妃甸区医院。治疗数天,Vicoy左侧肢体瘫痪症状加重,又开始发热。8日,他被转到唐山市的三甲医院――华北理工大学附属医院。神经内科的管床医师毛文静是Vicoy的主治医生。她记得,刚来医院时,他左侧肢体几乎完全瘫痪,双侧瞳孔不等大。

腰穿之后,医生看到了呈微黄色的脑脊液。“这绝对有问题。” Vicoy脑脊液白细胞含量高,但糖含量低。“我们初步判断这是脑膜炎引发脑组织坏死,但脑炎性质不是很确定。”9日,凭着临床经验,医生给Vicoy使用了抗结核药物治疗。

但是,还不能确诊。

医生用常规方法检测结核菌,始终没找到。“涂片染色、细菌培养,都没用。”始作俑者一直身份不明。病人病情稳定了下来,可是依然发热。医院神经内科主任刘斌教授知道,重症颅内感染病情凶险,如果迟迟无法对症治疗,病人将有生命危险。

得搬救兵。6月12日,刘斌联系了北京协和医院神经内科教授关鸿志。他还有另一重身份。协和医院神经科从2014年起和华大基因研究院合作,在国内首先开展脑脊液二代测序,用于中枢神经系统感染性疾病的病原体筛查。关鸿志正是这个项目的负责人。

“脑脊液二代测序技术,我们在国际上都领先。”8月27日,关鸿志接受科技日报记者采访时说。

二代测序是一种新型核酸测序手段,它为高通量测序,可以同时测定几百万甚至上亿条DNA或RNA序列,大大加快了全基因组测序的速度,也使无靶向的病原体广泛筛查成为可能。传统检查技术,是怀疑什么查什么,一种一种试;二代测序技术,则是“一锅端”,它既“广”,也“快”。

关鸿志建议,用二代基因测序技术试试。6月22日下午,天津华大基因交付病原组统筹人员李媛收到了Vicoy的脑脊液样本。二代测序技术会检测出这份脑脊液样本中所有核酸序列,之后与病原体基因组数据库进行比对和分析,从而确定感染病原体。一般来说,它需要48小时。这一例,华大基因做了加急处理。23日晚上,检测报告出炉。

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